Pour les Saint-Nazairiens, avec la croissance de leur cité, le désir de pouvoir s’administrer eux-mêmes s’accroît. Les notables, appuyés par des capitaines marchands qui fréquentent leur port, font pression et essaient d’avoir des appuis, haut-placés, tels ceux du Duc de Beaufort, de l’Intendant Arnould, du Marquis de Centurioni, de Nicet. Ce sera même Pierre Puget qui dessinera le futur port en 1672. Tout cela fournira matière à étoffer un important dossier qui ébranlera le roi Louis XIV lui-même. Un seul obstacle d’importance, le ministre Colbert. Il entreprend de grands travaux à Toulon pour le port et pour l’arsenal et ne souhaite pas de port concurrentiel, si petit soit-il. Après sa mort, survenue en 1683, une dernière tentative convaincra le roi Louis XIV de la justesse des ambitions de Saint-Nazaire.
En 1688, un édit signé en son Conseil, le roi étant présent, consacrera la séparation d’Ollioules et de Saint-Nazaire. C’est le 10 juillet. Après son passage devant le Parlement de Provence siégeant à Aix, l’édit parviendra à Saint-Nazaire le 20 juillet.
Cette nouvelle sera accueillie avec toute la joie que l’on devine. Cette victoire consacre les efforts de tous. Il y a trois cent ans de cela...
Désormais, la communauté prend en charge son administration. L’édit de séparation lui a attribué le tiers du territoire d’Ollioules et deux moulins à blé ; de plus, les revenus de rentes diverses. La première préoccupation de la nouvelle communauté sera l’élection d’un consul (maire) et de son conseil. Le premier élu sera Barnabé Infernet. Il faut d’abord travailler à l’approfondissement du port, car une des obligations imposées par le roi pour la séparation est celle de l’accès éventuel du port à treize galères royales. Ce travail doit être payé un tiers par le bourg, un tiers par le parlement d’Aix, un tiers par le roi. On attendra pendant plus de trente ans ce dernier paiement. Cette avance de fonds obérera pour longtemps les finances locales. Cependant, le désenvasement du port permettra l’accès de navires plus importants et favorisera le commerce maritime. De nombreux capitaines marins, de nombreux navires marchands donneront une grande activité au port.

La nouvelle communauté parviendra ainsi, malgré quelques difficultés, à gérer son avenir. La population augmente, ainsi que le nombre de maisons. Saint-Nazaire est maintenant un bourg qui comprend 253 maisons et 37 bastides sur le terroir, soit environ 1600 habitants.
Hélas, en 1707, la guerre est à nos portes. Le Duc de Savoie assiège Toulon et une escadre ennemie de vingt-deux navires vient mouiller en rade de Saint-Nazaire avec l’intention d’y débarquer des troupes pour prendre Toulon à revers. Après un échange de boulets qui durera trois jours et demi, l’ennemi est contraint de se retirer. Il est vrai qu’en plus de la milice garde-côte locale et les canons de la tour, Toulon a envoyé des dragons qui ont pris position tout au long du littoral. Cependant, la mer, au large, reste peu sûre et cela gène le trafic maritime et la pèche.
Deux ans plus tard, en 1709, ce seront les plus grands froids que la Provence ait connue. A nouveau, la mer est interdite et, de plus, l’agriculture a terriblement souffert. Il faut acheter des grains au dehors. Les oliviers, la vigne, sources de richesse, sont gelés. Il faudra plusieurs années pour s’en remettre.
En résumé, des années difficiles pour une jeune communauté sans grands moyens. Un fléau, plus terrible encore, la frappe en 1720-1721, la peste, qui ravage la Provence de Marseille à Toulon et Ollioules, Saint-Nazaire en sera atteint en 1721 et seules des mesures sanitaires, prises à temps et sévèrement contrôlées, permettront à la population de survivre. Les pertes ne seront que d’une cinquantaine de personnes.
La vie reprendra ses droits.
En 1746, nouvelle invasion de la Provence par les austro-sardes. Saint-Nazaire ne sera pas touché car cette invasion ne pourra atteindre Toulon. En 1788, une escadre, sous les ordres de l’amiral d’Estaing, partant de Toulon, participera à la guerre d’indépendance des états d’Amérique. Vingt-sept Saint-Nazairiens serviront à bord de différents navires de cette flotte.